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Item New and efficient AS-PCR molecular marker for selection of coffee resistant to coffee leaf rust(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2024-10-15) Almeida, Dênia Pires de; Carneiro, Deisy Guimarães; Caixeta, Eveline Teixeira; Alves, Danúbia Rodrigues; Zambolim, LaércioCoffee leaf rust, caused by Hemileia vastatrix, is the most important disease affecting Coffea arabica. The use of molecular markers through marker-assisted selection (MAS) is an effective approach to develop cultivars with multiple and durable resistance, which is economically and environmentally beneficial for this disease control. In this work, a new molecular marker based on allele-specific polymerase chain reaction (AS-PCR) associated with the quantitative trait locus (QTL) of the linkage group 5 (LG5), which confers resistance to races I, II and pathotype 001 of H. vastatrix, was developed. The CaRHv10-AS marker was validated in a segregating genetic mapping population of 247 F2 genotypes and demonstrated selection efficiency greater than 97% for genotypes with resistance to three races. Thus, this work provides a fast, robust, and affordable molecular marker for use in MAS, facilitating the development of coffee plants with multiple resistance and ensuring sustainable coffee production.Item Manejo integrado de pragas e doenças do café arábica(Embrapa Café, 2024-10) Caixeta, Eveline Teixeira; Franzin, Mayara Loss; Zambolim, Laércio; Venzon, Madelaine; Carvalho, Carlos Henrique S. de; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Resende, Marcos Deon Vilela deO objetivo desta publicação é trazer informações sobre a biologia e as recomendações necessárias para a adoção do manejo integrado dos problemas fitossanitários que afetam a cultura do café arábica. A incidência e a severidade dos problemas causados por estresse biótico podem variar de acordo com o ambiente, o patógeno e a suscetibilidade do hospedeiro. Assim, os problemas sanitários de uma cultura podem variar com o tempo, sendo necessários constantes monitoramentos. Nesse trabalho, foram elencadas as principais pragas e doenças que ocorrem nos maiores estados produtores, considerando a diversidade de cultivo em diferentes regiões cafeeiras do Brasil. São relatadas as medidas de controle, a situação atual e potencial de agravamento. E para maior praticidade do leitor, é apresentada na seção final desta publicação uma síntese das diretrizes de manejo para cada uma das pragas e doenças descritas.Item Métodos ótimos de seleção genética no melhoramento do cafeeiro arábica(Embrapa Café, 2024-05) Resende, Marcos Deon Vilela de; Alves, Rodrigo Silva; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Mariz, Bruna LopesOs principais fatores que ditam o sucesso de um programa de melhoramento são: (i) eficiência no processo seletivo (métodos ótimos de identificação e seleção de indivíduos superiores); (ii) estratégia adequada de melhoramento (método de seleção recorrente e delineamento de cruzamento para a criação de novos indivíduos superiores); (iii) curtas gerações de melhoramento, ou seja, seleção precoce maximizando o ganho genético por unidade de tempo. Este documento desenvolve a teoria e realiza recomendações práticas acerca desses fatores na cultura do cafeeiro arábica.Item Partial map of Coffea arabica L. and recovery of the recurrent parent in backcross progenies(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2007-06-30) Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Sakiyama, Ney Sussumu; Caixeta, Eveline Teixeira; Zambolim, Eunize Maciel; Rufino, Raphael José Nascif; Zambolim, LaércioA partial map of Coffea arabica L. was constructed based on a backcross population and RAPD markers. From a total of 178 markers evaluated, only 134 that segregated 1:1 (P>0.05) were used to develop the map. Seventeen markers were not linked, while 117 formed 11 linkage groups, covering a genome distance of 803.2 cM. The maximum distance between adjacent markers was 26.9 cM, and only seven intervals exceeded 20 cM. The markers were further used for assisted selection of the plants closest to the recurrent parent, to accelerate the introgression of rust resistance genes in the coffee breeding program. Three BC1 plants resistant to coffee leaf rust and with high genetic similarity to ?Catuaí? were selected and integrated in the following backcross cycles.Item Otimização da experimentação no melhoramento do cafeeiro(Embrapa Café, 2023-09) Resende, Marcos Deon Vilela de; Alves, Rodrigo Silva; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Caixeta, Eveline Teixeira; Pereira, Antonio Alves; Mariz, Bruna LopesItem Aceleração do melhoramento do cafeeiro via seleção genômica : agilidade e eficácia no lançamento de novas cultivares(Embrapa Café, 2022-08) Caixeta, Eveline Teixeira; Resende, Marcos Deon Vilela; Alkimim, Emilly Ruas; Sousa, Tiago Vieira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Alves, Rodrigo SilvaItem Os LOCI SH3 envolvidos na resistência à ferrugem são complexos multialélicos e divergentes em genomas de Coffea(Embrapa Café, 2022-02) Angelo, Paula Cristina da Silva; Caixeta, Eveline Teixeira; Pereira, Luiz Filipe Protásio; Ribas, Alessandra F.; Sera, Gustavo H.Item Cultivares de café resistentes à ferrugem : alternativa viável para a cafeicultura das Matas de Minas(2021-12) Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Caixeta, Eveline Teixeira; Resende, Marcos Deon Vilela; Ribeiro, Marcelo de FreitasItem Tamanho amostral e detecção de genes via GWAS em características quantitativas do cafeeiro(Embrapa Café, 2022-04) Resende, Marcos Deon Vilela de; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Caixeta, Eveline Teixeira; Alkimim, Emilly Ruas; Sousa, Tiago Vieira; Pereira, Antonio Alves; Alves, Rodrigo Silva; Azevedo, Camila FerreiraO presente documento refere-se à avaliação prática do potencial da GWAS no melhoramento dos cafeeiros das espécies Coffea arabica e Coffea canephora. O objetivo geral é orientar a aplicação eficiente da GWAS em características produtivas, agronômicas e de resistência a doenças e pragas do cafeeiro. Para isso, um novo método para o estudo de associações genômicas foi desenvolvido e avaliado via simulação, em termos de poder de detecção de genes. O objetivo específico é possibilitar a identificação de marcadores genéticos úteis ao melhoramento do cafeeiro.Item In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases(Sociedade Brasileira de Genética, 2010) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; Hufnagel, Bárbara; Thiebaut, Flávia; Maciel-Zambolim, Eunize; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney SussumuSequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and plant defense responses to diseases. The 140 EST-contigs identified through the keyword NBS-LRR were classified according to function. This classification allowed association of the predicted products of EST-contigs with biological processes, including host defense and apoptosis, and with molecular functions such as nucleotide binding and signal transducer activity. Fisher’s exact test was used to examine the significance of differences in contig expression between libraries representing the responses to biotic stress challenges and other libraries from the BCGP. This analysis revealed seven contigs highly similar to catalase, chitinase, protein with a BURP domain and unknown proteins. The involvement of these coffee proteins in plant responses to disease is discussed.