Diversidade genética de cafeeiro por meio de marcadores EST-SSR

Abstract

O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética entre diferentes genótipos de cafeeiro do programa de melhoramento genético da UFV/EPAMIG, por meio de marcadores EST-SSR. Foram avaliados 17 pares de primers SSR desenhados a partir das seqüências EST (Expressed Sequence Tags) do Projeto Brasileiro do Genoma Café. A diversidade genética foi avaliada por meio da análise de agrupamento UPGMA, gerado pela matriz de distância e similaridade genética de Jaccard. Os genótipos também foram agrupados, para avaliar a distância e diversidade entre e dentro das populações. Os 17 pares de primers EST-SSR apresentaram 100% de polimorfismo entre todos os genótipos avaliados, com um número médio de alelos por loco de 5,1. Embora grande parte das variedades cultivadas avaliadas neste trabalho descenderem de C. arabica, 35,29% dos primers testados apresentaram-se polimórficos entre as duas populações. Por meio da análise de agrupamento UPGMA foi possível separar os genótipos em grupos distintos. A maior fração da diversidade genética (64%) encontra-se entre as populações, enquanto 34% está entre os genótipos dentro das populações. Os marcadores EST-SSR apresentaram um elevado grau de polimorfismo entre os genótipos, tornando-os eficientes para o estudo da diversidade genética do cafeeiro. A utilização desta classe de marcadores possibilitou distinguir os diferentes genótipos estudados, inclusive, dentro das populações de C. arabica, a qual possui baixa variabilidade genética.

This work was done with the objective of studying the genetic diversity of coffee genotypes of the genetic improvement program of UFV/EPAMIG with the aid of molecular marker EST-SSR. Seventeen pairs of primers SSR designed from the EST sequence (Expressed Sequence Tags) of the Genome Project of Coffee of Brazil were evaluated. The genetic diversity was evaluated with the aid of analysis of clustering UPGMA, formed by distance matrix and Jaccard genetic similarity index. The genotypes also grouped to evaluate the genetic distance and diversity between and within populations. Those 17 EST-SSR primers tested showed 100% polymorphism in all the genotypes evaluated, with the mean number of allele polymorphism of 5.1. Although the large number of varieties evaluated in this experiment was descendent do C. arabica, 35.29% of the primers tested showed polymorphism between the two populations. Using analysis of clustering UPGMA genotypes grouped into distinct groups. The major fraction of genetic diversity (64%) was found between populations, while 34% was among genotypes with in populations. Those markers EST-SSR revealed high degree of polymorphism between genotypes, showed the efficiency of the markers to study the genetic diversity in coffee. The utilization of these classes of markers made possible distinguish different genotypes studied, including with in the populations of C. arabica, which considered having low genetic variability.