O SBICafé iniciou suas atividades no ano de 2000, no contexto de um projeto financiado pelo então Consórcio Brasileiro de Pesquisa e Desenvolvimento do Café. O objetivo principal do projeto foi a criação da Biblioteca Digital do Café, visando facilitar o acesso às informações bibliográficas sobre o agronegócio café. O investimento inicial gerou retornos na forma de benefícios aos pesquisadores, produtores, estudantes e demais usuários, principalmente na possibilidade do acesso democrático e gratuito à informação, via internet, em um único portal informatizado.
A partir de 2005, devido a escassez de recursos, o ritmo de inclusão de novas informações foi reduzido. Em 2009, a partir de novos investimentos, o SBICafé teve seus equipamentos atualizados, tendo sido adquirido um scanner planetário, permitindo a digitalização de livros e obras raras. Em 2011, foi lançada a nova versão do SBICafé, que passou a atuar também como um repositório temático da produção científica das instituições que integram o Consórcio Pesquisa Café.