Navegando por Autor "Shimizu, Milton Massao"

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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource
(Brazilian Journal of Plant Physiology, 2006-06) Vieira, Luiz Gonzaga Esteves; Andrade, Alan Carvalho; Colombo, Carlos Augusto; Moraes, Ana Heloneida de Araújo; Metha, Ângela; Oliveira, Angélica Carvalho de; Labate, Carlos Alberto; Marino, Celso Luis; Monteiro-Vitorello, Claúdia de Barros; Monte, Damares de Castro; Giglioti, Éder; Kimura, Edna Teruko; Romano, Eduardo; Kuramae, Eiko Eurya; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo; Almeida, Elionor Rita Pereira de; Jorge, Érika C.; Albuquerque, Érika V. S.; Silva, Felipe Rodrigues da; Vinecky, Felipe; Sawazaki, Haiko Enok; Dorry, Hamza Fahmi A.; Carrer, Helaine; Abreu, Ilka Nacif; Batista, João A. N.; Teixeira, João Batista; Kitajima, João Paulo; Xavier, Karem Guimarães; Lima, Liziane Maria de; Camargo, Luis Eduardo Aranha de; Pereira, Luiz Filipe Protasio; Coutinho, Luiz Lehmann; Lemos, Manoel Victor Franco; Romano, Marcelo Ribeiro; Machado, Marcos Antonio; Costa, Marcos Mota do Carmo; Sá, Maria Fátima Grossi de; Goldman, Maria Helena S.; Ferro, Maria Inês T.; Tinoco, Maria Laine Penha; Oliveira, Mariana C.; Sluys, Marie-Anne Van; Shimizu, Milton Massao; Maluf, Mirian Perez; Eira, Mirian Therezinha Souza da; Guerreiro Filho, Oliveiro; Arruda, Paulo; Mazzafera, Paulo; Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa; Oliveira, Regina L.B.C. de; Harakava, Ricardo; Balbao, Silvia Filippi; Tsai, Siu Mui; Mauro, Sonia Marli Zingaretti di; Santos, Suzana Neiva; Siqueira, Walter José; Costa, Gustavo Gilson Lacerda; Formighieri, Eduardo Fernandes; Carazzolle, Marcelo Falsarella; Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães
Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.
Compositional changes of proteins and amino acids in germinating coffee seeds
(Instituto de Tecnologia do Paraná - Tecpar, 2000-07) Shimizu, Milton Massao; Mazzafera, Paulo
Endosperm is the main reserve tissue in coffee seeds. Coffee (Coffea arabica L.) seeds were germinated for six weeks and qualitative and quantitative changes in amino acids and proteins were investigated. The total content of free amino acids were reduced during germination, however, protein content remained constant. SDS-PAGE profiles showed that legumin-like proteins became less stained in the last weeks. Asparagine, glutamic acid, aspartic acid, alanine and lysine were the major free amino acids, although serine and glutamine were also significant. Except for tyrosine, which increased with germination, all other amino acids were reduced. Analysis of the amino acid composition of the total soluble protein showed glutamic acid/glutamine and glycine as the main amino acids. However, other amino acids such as leucine, aspartic acid/asparagine, alanine, lysine, serine were also found in reasonable amounts.
Efeito da temperatura em aminoácidos e proteases de café
(2005) Shimizu, Milton Massao; Silva, Emerson Alves da; Mazzafera, Paulo; Colombo, Carlos Augusto; Baptista, Guilherme G.; Embrapa - Café
Frutos de café foram mantidos em uma armação plástica, de forma a aumentar a temperatura durante o seu desenvolvimento. Frutos foram coletados verdes e maduros, sendo que como testemunhas foram coletados frutos a pleno sol e da sombra, sob a saia do cafeeiro. O endosperma dos frutos foi retirado para análise de aminoácidos e de proteases. Aminoácidos variaram bastante no aspecto quantitativo e qualitativo. Proteases foram caracterizadas quando à inibição por inibidores específicos para esta classe de enzimas e mostrou-se a presença de serino-proteases no endosperma de café. Discute-se preliminarmente os resultados em relação ao efeito da temperatura na alteração do padrão de compostos nitrogenados e sua relação com a qualidade da bebida.
Extração e dosagem da atividade da polifenoloxidase do café
(Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", 2002-10) Mazzafera, Paulo; Gonçalves, Kátia Viviane; Shimizu, Milton Massao
A atividade de polifenoloxidase (PFO) tem sido usada como indicadora da qualidade de bebida de café. Foram feitas comparações entre o método tradicionalmente usado para extração de polifenoloxidase de café e outro, onde impediu-se a oxidação de fenóis durante a extração, com posterior eliminação por filtração em coluna de exclusão. Um método intermediário entre os dois também foi testado. As medições de atividade foram feitas por espectrofotometria e por consumo de O 2 . Os métodos tradicionais de extração e dosagem da atividade de PFO sofrem forte interferência de fenóis presentes no extrato, não permitindo reprodução dos dados publicados na literatura. Por espectrofotometria foi possível diferenciação apenas entre café de bebida Mole de cafés de bebida Dura e Rio, mas não entre as duas últimas. Café de melhor qualidade, bebida Mole, apresentou maior atividade de PFO. Extração de PFO na presença de antioxidantes e complexadores de fenóis, seguida pela eliminação dos mesmos por cromatografia de exclusão é essencial para uma avaliação correta. Entretanto, usando este procedimento e consumo de O 2 , a atividade de PFO também não diferenciou os três cafés testados, exceto o Mole dos dois outros. No lugar de DOPA (3,4 – dihidroxifenilalanina), usado comumente nas dosagens por espectrofotometria, sugere-se o emprego de ácido clorogênico (ácido 5-cafeoilquínico).
Identificação e caracterização de ESTs presentes no banco do genoma café relacionados a proteases
(2005) Baptista, Guilherme G.; Mazzafera, Paulo; Priolli, Regina H. G.; Shimizu, Milton Massao; Schocken, Natalie R. Leóz; Colombo, Carlos Augusto; Embrapa - Café
Evidências recentes indicam que proteases podem ter importante papel na qualidade de bebida de cafeeiros cultivados em regiões com temperaturas médias anuais contrastantes. Assim, o objetivo do presente trabalho foi identificar ESTs apresentando alta similaridade com proteases no banco de dados do Projeto Genoma Café. Cerca de 1800 reads foram identificados e blastados. Contigs contendo em sua maioria seqüências de bibliotecas de frutos foram classificadas nos em serinas, cisteínas, aspárticas e metalo proteinases. Em seguida tais contigs foram submetidos a uma análise filogenética com seqüências similares encontradas em bancos públicos como também identificados os domínios funcionais das mesmas. Primers para amplificação destes domínios foram desenhados e o próximo passo será verificar o nível de expressão destes genes em endospermas de frutos de café provenientes de locais com temperaturas contrastantes.
Influence of air temperature on proteinase activity and beverage quality in Coffea arabica
(Sociedade Botânica de São Paulo, 2012) Abreu, Hellen Marília Couto de; Nobile, Paula Macedo; Shimizu, Milton Massao; Yamamoto, Paula Yuri; Silva, Emerson Alves; Colombo, Carlos Augusto; Mazzafera, Paulo
Fruits were collected from trees of Coffea arabica cv. Obatã grown at Mococa and Adamantina in São Paulo State, Brazil, which are regions with marked differences in air temperature that produce coffee with distinct qualities. Mococa is a cooler location that produces high-quality coffee, whereas coffee from Adamantina is of lower quality. The amino acid and protein contents, amino acid profile, and proteinase activity and type in endosperm protein extracts were analysed. Proteinase genes were identified, and their expression was assayed. All results indicate that temperature plays a role in controlling proteinase activity in coffee endosperm. Proteinase activity was higher in the endosperm of immature fruits from Adamantina, which was correlated with higher amino acid content, changes in the amino acid profile, and increased gene expression. Cysteine proteinases were the main class of proteinases in the protein extracts. These data suggest that temperature plays an important role in coffee quality by altering nitrogen compound composition.