Navegando por Autor "Schenk, Juliana Camargo Martinati"

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Desenvolvimento de marcadores associados à resistência ao bicho-mineiro: seleção e validação de SNPs
(Embrapa Café, 2019-10) Bazioli, Jaqueline Moraes; Guimarães, Paula de Sousa; Strazza, Bruna Aparecida; Schenk, Juliana Camargo Martinati; Padilha, Lilian; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez
O objetivo deste estudo é o desenvolvimento de marcadores do tipo SNPs associados com a resistência ao bicho-mineiro em café. A estratégia principal utilizou as análises genômicas de microarranjo, para caracterização de expressão diferencial de genes-candidatos em plantas resistentes infestadas com o bicho-mineiro. Inicialmente, análises in silico de 2137 destes genes identificaram aqueles potencialmente relacionados com a especificidade da resposta de defesa da planta. Uma vez selecionados, o perfil de expressão de 22 genes foi confirmado por qRT-PCR em experimentos utilizando plantas resistentes e suscetíveis, infectadas pelo bicho-mineiro. Para busca de polimorfismos do tipo SNPs, que poderão ser utilizados como marcadores para seleção-assistida, selecionamos 4 genes, cujas regiões genômicas foram clonadas e sequenciadas em genótipos parentais da população em estudo. Após análises in silico de sequências genômicas, os polimorfismos do tipo SNPs identificados serviram de base para construção de sondas alelo- específicas, utilizadas na genotipagem de plantas parentais e progênies em seleção. A análise de segregação de SNPs identificados indicou que nenhum dos polimorfismos avaliados apresenta correlação com a característica de resistência ao bicho-mineiro. Estes polimorfismos estão associados com alguma outra característica agronômica não avaliada neste estudo. A genotipagem de outros SNPs identificados está em andamento.
Expressão gênica em resposta a deficiência nutricional em folhas resistentes e suscetíveis ao bicho-mineiro
(Embrapa Café, 2015) Maia, Fernanda Magalhães; Strazza, Bruna Aparecida; Schenk, Juliana Camargo Martinati; Padilha, Lilian; Guerreiro-Filho, Oliveiro; Maluf, Mirian Perez
A resposta de defesa de cafeeiros infestados pelo bicho-mineiro (Leucoptera coffeela) é influenciado por aspectos fisiológicos entre os quais está a disponibilidade de nutrientes. Plantas resistentes podem exibir lesões foliares correspondentes ao desenvolvimento do inseto quando a lavoura tem deficiência de adubação. O conhecimento sobre a interação entre mecanismos de transporte de nutrientes e resposta de defesa ao bicho-mineiro podem contribuir na elucidação da resistência ao inseto em cafeeiros. Este estudo avaliou a expressão relativa de genes associados ao metabolismo de potássio e nitrogênio, ao estresse oxidativo e a mecanismos de defesa em mudas de cafés submetidas a condições nutricionais limitantes. Mudas de progênies resistentes e suscetíveis ao bicho-mineiro foram mantidas em soluções contendo concentrações variáveis de macronutrientes (N+K+, N+K-, N-K+, N-K-). Após o tratamento, as folhas foram coletadas para extração do RNA e posterior caracterização da expressão de genes por qRT-PCR. Genes do metabolismo de potássio apresentaram expressão diferencial entre plantas resistentes e suscetíveis. O perfil de expressão dos genes do metabolismo de Nitrogênio não apresentou diferenças entre as progênies. Além disso, genes diretamente relacionados com a defesa ao bicho-mineiro e ao estresse oxidativo apresentaram expressões diferenciais significativas entre plantas resistentes e suscetíveis. Estas análises preliminares sugerem que a regulação da absorção e/ou transporte de nutrientes não são atividades iniciais na resposta de cafeeiros, e que a ativação de mecanismos de defesa em geral é a resposta inicial à deficiência nutricional.
Large-scale gene expression analysis reveals the role of primary metabolism regulation in resistance to Brazilian Pseudomonas coronafaciens pv. garcae in coffee
(Instituto Agronômico (IAC), 2024-12-20) Schenk, Juliana Camargo Martinati; Rodrigues, Lucas Mateus Rivero; Arruda, Natália; Guimarães, Paula de Souza; Diniz, Leandro Cardamone; Rezende, Antonio Mauro; Destéfano, Suzete Aparecida Lanza; Padilha, Lilian; Maluf, Mirian Perez; Guerreiro Filho, Oliveiro
This study investigated the response of arabica coffee plants to the pathogen Pseudomonas coronafaciens pv. garcae using RNA-seq technology. Susceptible and resistant coffee plants were inoculated with the bacteria, and leaf samples were collected at different time points for RNA sequencing. Seven genes related to different defense pathways were chosen for expression quantification in time-course experiments using infected leaves from resistant and susceptible plants, as well as non-infiltrated and water-infiltrated leaves as controls. The results obtained revealed that response mechanisms differ between genotypes and provide insights into the genetic basis of early defense in coffee plants against P. coronafaciens pv. garcae, offering potential strategies for genetic breeding.
Seleção de genes endógenos para análises de qRT-PCR em sementes de café
(Embrapa Café, 2013) Schenk, Juliana Camargo Martinati; Cardoso, Danielle Cunha; Maluf, Mirian Perez; Padilha, Lilian
A técnica quantitativa de PCR em tempo real, qRT-PCR, permite analisar a expressão de genes alvo em diferentes condições experimentais. No entanto, a análise precisa dos resultados gerados pela qRT-PCR está diretamente relacionada ao gene normalizador utilizado, o qual deve apresentar expressão constitutiva semelhante para as diferentes amostras/tratamentos avaliados no experimento. Os genes normalizadores escolhidos para as análises em sementes podem diferir daqueles utilizados para as raízes e folhas. Este trabalho teve como objetivo a avaliação de genes normalizadores úteis ao estudo de expressão gênica em sementes. O experimento englobou sementes mantidas nos frutos, sementes desmuciladas mecanicamente ou por meio da fermentação. Essas sementes e frutos foram em seguida, secados à sombra ou em secador até atingirem os teores de água de 12% ou 35%, foram acondicionados em embalagens herméticas e mantidos em câmara fria (10ºC/ 40%UR) por um período de até 12 meses. Foram avaliados 11 genes candidatos a normalizadores, os quais foram escolhidos, previamente, em um estudo de microarranjos. As expressões e estabilidade destes genes foram avaliadas por meio dos softwares geNorm, NormFinder, Delta Ct e BestKeeper. Pela análise conjunta dos resultados obtidos a partir destes softwares, observou-se que a estabilidade de um gene normalizador é variável em função do fator experimental considerado. O gene da actina é indicado como normalizador nas análises de expressão gênica em sementes de café quando forem considerados todos os três fatores avaliados neste estudo, ou seja, processamento, secagem e armazenamento.