Caixeta, Eveline TeixeiraAlmeida, Dênia Pires dePereira, Guilherme da SilvaAlves, Danúbia Rodrigues2026-03-242024-09-11ALVES, Danúbia Rodrigues. Dosagem alélica em Coffea arabica: evidências de pareamento homeólogo e identificação de OTL associados à resistência a Hemileia vastatrix. 2024. 89 f. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa-MG. 2024.https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2024.834sbicafe.ufv.br/handle-server/123456789/14892Tese de Doutorado defendida na Universidade Federal de Viçosa.Entre as 141 espécies do gênero Coffea, C. arabica e C. canephora são as mais cultivadas devido à sua relevância econômica, sendo o café arábica responsável por cerca de 57% da produção mundial. A espécie C. arabica é um alopoliploide resultante da hibridação natural entre C. eugenioides e C. canephora, seguida da duplicação de todo o genoma. Evidências moleculares recentes sugerem a ocorrência de rearranjos genômicos e trocas homeólogas no genoma da espécie, destacando a complexidade genética desse poliploide. Contudo, a base genética das cultivares de C. arabica é estreita, devido à sua origem recente e a gargalos evolutivos, o que compromete sua resistência a estresses bióticos e abióticos. A ferrugem do cafeeiro, causada pelo fungo Hemileia vastatrix é uma das doenças que mais causa prejuízo na produção do café arábica. O plantio de cultivares resistentes é a estratégia mais eficaz para controlar a doença, mas o alto potencial evolutivo do patógeno frequentemente supera a resistência das cultivares desenvolvida. Os programas de melhoramento genético de C. arabica têm se concentrado na seleção de progênies superiores e na transferência de genes de resistência durável, com destaque para o Híbrido de Timor (HdT). No Capítulo 1, foi apresentada uma revisão bibliográfica abordando temas relevantes que contribuíram para o embasamento e a elaboração dos capítulos subsequentes. No capítulo 2, foram investigados a dosagem alélica e possíveis pareamento homeólogos em C. arabica, utilizando genotipagem em larga escala com marcadores SNP em população F2. Os resultados indicaram menores distorções de segregação dos marcadores ao utilizar a chamada de variantes tetraploides em comparação com chamadas diploides, além de evidências para um suposto pareamento não preferencial entre os dois subgenomas que constituem a espécie. O capítulo 3, teve como objetivo identificar QTL relacionados à resistência de C. arabica às raças I, II, XXXIII e ao patótipo 001 de H. vastatrix, utilizando genotipagem em larga escala com marcadores SNP e mapeamento de QTL por análise de marcas individuais. Foram identificados QTL associadas à resistência às diferentes raças de H. vastatrix, incluindo marcas inéditas para a resistência à raça XXXIII e novas marcas para as raças I, II e o patótipo 001. As descobertas desta pesquisa têm implicações significativas para programas de melhoramento de C. arabica. Elas fornecem novas informações sobre o genoma da espécie, evidenciando a relevância de considerar a dosagem alélica e o pareamento homeólogo em estudos sobre esse alotetraploide, além de evidenciar regiões genômicas associadas à resistência a diferentes raças de H. vastatrix. Palavras-chave: alopoliploide; marcador molecular; melhoramento do cafeeiro; ferrugem do cafeeiro; snp.Among the 141 species of the genus Coffea, C. arabica and C. canephora are the most cultivated due to their economic relevance, with arabica coffee accounting for approximately 57% of world production. The species C. arabica is an allopolyploid resulting from the natural hybridization between C. eugenioides and C. canephora, followed by duplication of the entire genome. Recent molecular evidence suggests the occurrence of genomic rearrangements and homeologous exchanges in the genome of the species, highlighting the genetic complexity of this polyploid. However, the genetic base of C. arabica cultivars is narrow, due to their recent origin and evolutionary bottlenecks, which compromises their resistance to biotic and abiotic stresses. Coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is one of the diseases that causes the greatest damage to arabica coffee production. Planting resistant cultivars is the most effective strategy for controlling the disease, but the pathogen's high evolutionary potential often overcomes the resistance of the cultivars developed. Genetic breeding programs for C. arabica have focused on the selection of superior progenies and the transfer of durable resistance genes, with emphasis on the Timor Hybrid (HdT). Chapter 1 presents a literature review covering relevant topics that contributed to the basis and preparation of subsequent chapters. Chapter 2 investigates allelic dosage and possible homoeologous pairings in C. arabica using large-scale genotyping with SNP markers in an F2 population. The results indicate lower segregation distortions of markers when using tetraploid variant calling compared to diploid calls, in addition to evidence for a supposed non-preferential pairing between the two subgenomes that constitute the species. Chapter 3 aimed to identify QTL related to C. arabica resistance to races I, II, XXXIII, and pathotype 001 of H. vastatrix, using large-scale genotyping with SNP markers and QTL mapping by analysis of individual markers. QTL associated with resistance to different races of H. vastatrix were identified, including novel markers for resistance to race XXXIII and new markers for races I, II and pathotype 001. The findings of this research have significant implications for breeding programs of C. arabica. They provide new information about the genome of the species, highlighting the relevance of considering allelic dosage and homeologous pairing in studies on this allotetraploid, in addition to highlighting genomic regions associated with resistance to different races of H. vastatrix. Keywords: allopolyploid; molecular marker; coffee breeding; coffee rust; snp.89 folhaspt-BRCafé - Melhoramento genéticoCafé - Resistência a doenças e pragas - Aspectos genéticosMarcadores genéticosHemileia vastatrixGenética e melhoramentoTese